Se ubica en el segundo piso de las instalaciones de la Escuela de Bachilleres del Ateneo Fuente. En este museo es posible apreciar una gran variedad de piezas que se encuentran divididas en cinco especialidades de las ciencias del conocimiento, tales como la Paleontología, Anatomía, Arqueología, Minería y Botánica.
Son más de 1,800 piezas las que se ubican en el lugar, cuya colección se va acrecentando, pues constantemente se tienen donaciones del público, tales como la que el doctor Juan Salas realizó de 12 piezas de animales disecados, entre los que se menciona una hembra de pavorreal, un oso negro, un jabalí, un jaguar, entre otros.
Se tiene el dato que su apertura fue un 25 de octubre de 1867, y desde entonces ha estado abierto al público con diferencia de cuando ocurrió un incendio en el edificio en 1933, y recientemente por remodelaciones del inmueble.